Aono Tsukune, un chico de secundaria quien se había resignado a repetir el año escolar, sin embargo al llegar a su casa su padre le entrega un extraño sobre para inscribirse en la Academia Yōkai, un instituto ubicado en un lugar muy apartado de la civilización. Durante el camino hacia el instituto tiene un percance con una chica preciosa de nombre Akashiya Moka, la que luego de un rato le comenta que ella es en realidad un vampiro, pero Tsukune no lo cree y le sigue la corriente. Sin embargo, Tsukune descubre en su primer día de clases que la Academia Yökai es un instituto... ¡para monstruos y ningún humano es bienvenido! Aunque la Academia se creo para enseñarle a los monstruos a convivir con los humanos. Finalmente, cuando estaba por irse, Tsukune siente que Moka se encuentra en peligro y va a ayudarla (aunque al final es ella quien lo salva) y descubre la verdadera imágen de Moka transformada en vampiro. Después de mucho pensarlo Tsukune decide quedarse en esa escuela ya que ya ha hecho una amiga; así siguen las historias de Tsukune y Moka en la Academia Yōkai, luchando contra enemigos, tratando de mantener en secreto la identidad humana de Tsukune y haciendo nuevos amigos (más amigas pretendientes que amigos).